為什么要研究新生RNA？
序和普通轉(zhuǎn)錄組區(qū)別.png)
PRO-seq、TT-seq與常規(guī)RNA-seq的區(qū)別
傳統(tǒng)RNA-seq反映穩(wěn)態(tài)RNA水平，而新生RNA測(cè)序精準(zhǔn)揭示即時(shí)轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)。在新生RNA研究技術(shù)中，TT-Seq (Transient Transcriptome Sequencing)與PRO-seq (Precision Run-On Sequencing) 是目前最具代表性的兩類前沿方法。
TT-seq
TT?seq 即瞬時(shí)轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，是一種基于代謝標(biāo)記的新生RNA測(cè)序技術(shù)。TT-Seq通過(guò)在細(xì)胞中加入核苷類似物4?硫尿苷 (4sU)，在短時(shí)間段內(nèi)代謝標(biāo)記新生RNA的多個(gè)U位點(diǎn)，隨后富集含標(biāo)記的片段進(jìn)行測(cè)序。與傳統(tǒng)RNA-seq主要反映穩(wěn)態(tài)RNA水平不同，TT-seq能更精準(zhǔn)地揭示即時(shí)的轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)，具有高時(shí)效性、高靈敏度的特點(diǎn)。
應(yīng)用場(chǎng)景
(1) 捕捉分鐘級(jí)轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)變化
TT-Seq能夠精準(zhǔn)捕捉轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)響應(yīng)，尤其適用于研究信號(hào)通路激活、藥物刺激等快速轉(zhuǎn)錄事件。
(2) 檢測(cè)編碼及非編碼新生RNA表達(dá)水平
能夠檢測(cè)合成中的編碼RNA及非編碼RNA，提供全基因組轉(zhuǎn)錄活性全景視圖。
(3) 解析藥物作用及轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制
檢測(cè)藥物刺激的瞬時(shí)轉(zhuǎn)錄變化，解析藥物作用機(jī)制。
(4) 研究雙向轉(zhuǎn)錄事件
可直接檢測(cè)轉(zhuǎn)錄方向，用于研究啟動(dòng)子及調(diào)控元件參與的雙向轉(zhuǎn)錄和發(fā)散性轉(zhuǎn)錄分子機(jī)制。
PRO-seq
PRO?seq能夠以單堿基分辨率精準(zhǔn)捕獲細(xì)胞或冰凍組織中正在進(jìn)行的轉(zhuǎn)錄事件，通過(guò)一步體外延伸與富集直接定位轉(zhuǎn)錄機(jī)器在基因組上的即時(shí)分布。在分鐘級(jí)時(shí)間尺度上即可準(zhǔn)確記錄基因?qū)Νh(huán)境或藥物刺激的最早反應(yīng)，彌補(bǔ)了傳統(tǒng) RNA-seq和ChIP-seq 難以檢測(cè)即時(shí)轉(zhuǎn)錄變化且分辨率不足的局限。PRO-seq 具有高分辨率、高靈敏度和高時(shí)效性的特點(diǎn)。
應(yīng)用場(chǎng)景
(1) 檢測(cè)低豐度轉(zhuǎn)錄本的轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)
該方法靈敏度高，可檢測(cè)eRNA、短暫停基因等低豐度轉(zhuǎn)錄本，可用于微生物等復(fù)雜樣本的新生轉(zhuǎn)錄本鑒定。
(2) 以高分辨率檢測(cè)轉(zhuǎn)錄暫停、延伸、終止事件
PRO-seq轉(zhuǎn)錄延伸時(shí)僅能摻入一個(gè)生物素標(biāo)記核苷酸，從而真實(shí)記錄轉(zhuǎn)錄復(fù)合物分布并反映轉(zhuǎn)錄暫停、延伸等動(dòng)態(tài)。
(3) 解析轉(zhuǎn)錄調(diào)控機(jī)制
進(jìn)行轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)調(diào)控機(jī)制研究，挖掘調(diào)控網(wǎng)絡(luò)中的關(guān)鍵新生轉(zhuǎn)錄本。
(4) 研究染色質(zhì)修飾的轉(zhuǎn)錄調(diào)控作用
PRO-seq可與染色質(zhì)修飾圖譜 (如H3K27me3) 結(jié)合，解析染色質(zhì)狀態(tài)對(duì)轉(zhuǎn)錄調(diào)控的作用機(jī)制。
百力格生物推出TT-seq與PRO-seq新生RNA建庫(kù)試劑盒，致力于解決基因表達(dá)動(dòng)態(tài)研究中的關(guān)鍵技術(shù)難點(diǎn)。該試劑盒基于優(yōu)化的捕獲與建庫(kù)技術(shù)體系，可實(shí)現(xiàn)對(duì)新生RNA的高效、高靈敏度檢測(cè)，為基因表達(dá)調(diào)控、疾病機(jī)制與藥物靶點(diǎn)發(fā)現(xiàn)等前沿研究提供了實(shí)時(shí)動(dòng)力學(xué)分析工具和一站式解決方案。
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產(chǎn)品特點(diǎn)
1. 捕獲及建庫(kù)全流程整合
試劑盒整合了新生RNA捕獲、文庫(kù)構(gòu)建的所有試劑及流程，無(wú)需單獨(dú)準(zhǔn)備捕獲組分及文庫(kù)接頭。同時(shí)簡(jiǎn)化了建庫(kù)流程，大幅縮短建庫(kù)時(shí)間。
2. 檢測(cè)信噪比及靈敏度高
全面覆蓋高/低豐度轉(zhuǎn)錄本和長(zhǎng)/短壽命RNA，背景噪音低，在檢測(cè)低豐度轉(zhuǎn)錄本 (如eRNA、短暫停基因) 時(shí)具有更高靈敏度。
3. 構(gòu)建文庫(kù)質(zhì)量高
高效的酶反應(yīng)體系，文庫(kù)得率高、質(zhì)量佳，測(cè)序覆蓋度均勻，且數(shù)據(jù)拆分率高。
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PRO-seq 文庫(kù)的質(zhì)檢結(jié)果
TT-seq和PRO-seq該如何選用？TT-seq適用于研究轉(zhuǎn)錄速率以及新生RNA的整體水平，更關(guān)注轉(zhuǎn)錄產(chǎn)量和動(dòng)態(tài)變化；PRO-seq則更側(cè)重RNA 聚合酶在基因組上的定位，反映轉(zhuǎn)錄動(dòng)態(tài)和即時(shí)轉(zhuǎn)錄活性，可以更細(xì)致地觀察轉(zhuǎn)錄速度及轉(zhuǎn)錄過(guò)程中的各個(gè)階段。
TT-seq | PRO-seq | |
研究對(duì)象 | 新生RNA整體豐度與轉(zhuǎn)錄速率 | RNA聚合酶精準(zhǔn)定位與轉(zhuǎn)錄動(dòng)力學(xué) |
分辨率 | 高 | 極高 (單堿基精度) |
樣本要求 | 活細(xì)胞 | 活細(xì)胞，新鮮組織或冰凍組織 |
應(yīng)用 | 檢測(cè)RNA動(dòng)態(tài)，藥物刺激響應(yīng)、基因表達(dá)動(dòng)力學(xué) | 檢測(cè)瞬時(shí)轉(zhuǎn)錄狀態(tài)，如啟動(dòng)子活性、暫停機(jī)制、Pol II動(dòng)力學(xué) |
在實(shí)際研究中，兩種方法也可以聯(lián)合使用：TT-seq展現(xiàn)新生RNA表達(dá)的全局變化，PRO-seq提供轉(zhuǎn)錄過(guò)程和調(diào)控階段的精細(xì)信息，以更全面地解析新生RNA的表達(dá)特點(diǎn)，以及這些表達(dá)變化在全基因組范圍內(nèi)的分布和調(diào)控特征。
產(chǎn)品推薦
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試劑盒鏈接：
TT-seq建庫(kù)試劑 http://m.x5806.cn/produce/standard/detail/3550.html?type_id=807-933
PRO-seq建庫(kù)試劑 http://m.x5806.cn/produce/standard/detail/3551.html?type_id=807-933
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