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雜交捕獲探針

雜交捕獲是一種靶向目標富集方法,該方法通過針對目標基因設計捕獲探針,捕獲富集出高價值的目標基因序列進行測序,提高目標區域的測序深度。通過生物信息學分析,得到目標基因的變異信息,廣泛應用于遺傳病篩查和腫瘤檢測等領域。

百力格工業化合成平臺可以生產用于解決高通量測序、靶向測序等需求的高質量捕獲探針,也可以根據客戶需求提供定制化設計服務,捕獲效率更高。



捕獲探針panel設計

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1. 質量驗證(腫瘤5基因KRAS、ALK、ROS1、EGFR、BRAF,與競品對照)

數量:Baits數量相差不大,主要是對困難區域 

覆蓋度:BLG 覆蓋度:99.9%;競品覆蓋度:99.0% 

質量:GC 分布相較于競品更集中;mask 指數分布相當


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2.  設計策略與結果輸出

探針一般參數過濾:

gc、mask、Tm等 


Blast映射過濾:

使用Blast 工具將所有baits 回貼至基因組,并且將比對結果進行歸類,根據回貼至基因組比對到的個數將探針分為green,yellow,black 


設計策略:

1.  高特異性:只保留特意性高的green探針,去掉yellow和black探針(建議選擇)

2.  均衡特異性與覆蓋度:保留特意性高的green探針和特異性中等的yellow探針,去掉特異性差的black探針


panel調整策略:

某些區域的覆蓋度相對較低:增加該區域的探針含量/針對這部分區域額外設計探針加到原panel

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3.  實驗驗證


 raw data

Capture efficiency

Mean depth

dup%

Chimeras rate

 fold_80

0.20*mean

 1X
 coverage

 10X
 coverage

 100X
 coverage

腫瘤5基因-競品I設計

1.157

62.44%

6275.15

36.47%

2.55%

1.31

98.11%

99.70%

99.34%

99.07%

腫瘤5基因-BLG  v2設計

1.157

70.33%

7205.494

33.99%

2.39%

1.24

98.26%

100.00%

99.82%

99.13%

                                                                          腫瘤5基因:KRAS、ALK、ROS1、EGFR、BRAF(CDS區)




服務優勢

1. 高效率:采用高通量合成平臺結合自動化純化分裝,確保快速交付;

2. 保密性:信息管理系統保證對客戶序列信息的保密;

3. 定制化:根據客戶研究需求自由組合靶向基因,支持多樣本混合捕獲;

4. 精確合成:超過99.6%的化學耦合率,低頻突變并且每條探針都經過100%質譜檢測。

(常規合成堿基錯誤率在1/1,000左右,特殊合成可以提升到1/100,000以下的錯誤率。)



服務詳情

服務

堿基長度

規格

純化方式

交付標準

捕獲探針

80-120 nt

500 pmol

定制

定制

單管/96孔板

干粉/液體
  可預混分裝

*捕獲探針產品按條收